1. Uzbūve un darbības princips: Gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija (GC-MS) ir ierīce, kas gāzu hromatogrāfam pievieno masas spektrometrijas detektoru. Gāzu hromatogrāfs izmanto gāzi kā nesējgāzi, uzsilda un iztvaicē paraugu gāzes fāzē un nosūta to pa hromatogrāfijas kolonnu uz detektoru. Gāzu hromatogrāfijas-masspektrometrs arī izmanto gāzi kā nesējgāzi, lai uzsildītu un iztvaicētu paraugu gāzes fāzē. Tomēr pēc hromatogrāfijas parauga molekulas jonizē ar jonu avotu, radot jonu plūsmu, kas tiek pārraidīta uz masas spektrometrijas detektoru noteikšanai. Pēc analizatora veiktās analīzes signālu reģistrē detektors, lai iegūtu informāciju par parauga sastāvu. Tāpēc gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrijai ir divas priekšrocības kā gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrijai.
2. Jutība un izšķirtspēja. Tā kā gāzu hromatogrāfa augšpusē ir pievienots masas spektrometrijas detektora slānis, gāzu hromatogrāfijas masas spektrometra jutība un izšķirtspēja ir augstāka nekā gāzu hromatogrāfijas masas spektrometra jutība un izšķirtspēja. Gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija var analizēt sarežģītākus paraugus un noteikt savienojumus ar ļoti zemu saturu.
3. Izmaksas: Salīdzinot ar gāzu hromatogrāfiem, gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrijai (GC-MS) ir papildu masas spektrometrijas detektora slānis, tāpēc arī tās izmaksas ir augstākas nekā gāzu hromatogrāfijām. Piemērots situācijām, kad izpētē tiek izvirzītas augstas prasības noteikšanas precizitātei, analīzes dziļumam un jutīgumam.
Rezumējot, gāzu hromatogrāfijas masas spektrometrija (GC-MS) apvieno gāzu hromatogrāfijas masas spektrometriju (GC-MS) ar masas spektrometrijas detektoru, kas var analizēt sarežģītākus paraugus ar lielāku jutību un izšķirtspēju. Tas ir piemērots situācijām, kad pētniecībā ir nepieciešama augsta noteikšanas precizitāte, analīzes dziļums un jutīgums, taču arī izmaksas ir augstākas.